Modalità dimostrazione tecnica: Per attivarla occorre finire in ordine le seguenti modalità: Training, Time Trial, Gun Shooting e Survival. Ogni modalità, partendo dalla prima, sbloccherà quella successiva quindi non sarà possibile seguire un ordine diverso. Usate questo codice per guardare il video dimostrativo del gioco pre-programmato

Munizioni infinite: Dovete completare il gioco senza arrendervi alla tortura contro Ocelot, in questo modo finirete il gioco salvando meryl che vi darà appunto la bandana

Mimetica Ottica: Per giocare con la mimetica ottica (che nasconde la persona) dovete sottomettervi alla tortura di Ocelot, lasciando morire Meryl e finendo il gioco con Otacon. Ricominciate il gioco caricando un file nuovo che troverete all'interno della memory-card e già dal primo livello troverete la mimetica nell'equipaggiamento.

Telecamera segreta: Raggiungete il piano B2 tramite il primo ascensore che trovate (si tratta dell'area con tutte le stanze) raggiungete la porta che conduce allo scontro con Ocelot ma non entrate, a destra (in fondo al corridoio) piazzate un C4 e fatelo saltare per scoprirete una stanza segreta. Nella stanza si trovano due chiavi di sicurezza, una del livello 4 e una del 6, dietro alla chiave L4 c'e' una stanza, li dentro troverete una specie di telecamera. Ora Finite il gioco alternativamente, una volta sottomettendoti alla tortura e l'altra no, nel menù principale troverete una nuova sezione chiamata "Album", usate questa sezione per guardare le foto che avete scattato :-)

Colori Alternativi: Finite il gioco 2 volte raccogliendo sia la Bandana che la Mimetica Ottica, la terza volta che ricominciate il gioco arrivate fino al Cyber-Ninja senza usare nessuno dei due oggetti, se l'avete fatto correttamente vedrete il ninja rosso, e nel filmato finale ci saranno nuovi colori per Snake ed il Ninja.

Cambiare i costumi: Finite 2 volte il gioco con un finale sempre diverso quindi prendendo la Bandana e la Mimetica Ottica e salvate sempre sullo stesso blocco, la terza volta che eseguirete il gioco Snake avrà uno smoking nell'ascensore.